การอยู่บนโลกที่พังทลายที่เกิดจากพิษของ 3rd Impact โลกหลายส่วนไม่สามารถอาศัยได้ แถมยังมีสีแดงคาวเลือด ย้อมพื้นที่จนน่าสยดสยองด้วย ทำให้กลุ่มวิลเล่ ที่นำโดย มิซาโตะ ต้องหาทางทำให้พื้นที่ที่ย้อมสีแดง กลับมาสู่สภาพเดิม แต่ทว่า อิคาริ เกนโด พ่อของชินจิ กลับเดินงานแผนพัฒนามนุษยชาติต่อ ซึ่งนั่นทำให้มิซาโตะต้องขัดขวางไม่ให้แผนเกนโดสำเร็จ "Evangelion: 3.0+1.01 Thrice Upon a Time"